nuacht

Le deich mbliana anuas, tá teicneolaíocht seicheamhú géine in úsáid go forleathan i dtaighde ailse agus i gcleachtas cliniciúil, agus tá sí ina huirlis thábhachtach chun tréithe móilíneacha ailse a nochtadh. Tá dul chun cinn i ndiagnóis mhóilíneach agus i dteiripe spriocdhírithe tar éis forbairt choincheap teiripe beachtais meall a chur chun cinn agus athruithe móra a thabhairt ar réimse iomlán dhiagnóis agus chóireála meall. Is féidir tástáil ghéiniteach a úsáid chun rabhadh a thabhairt maidir le riosca ailse, cinntí cóireála a threorú agus prognóis a mheas, agus is uirlis thábhachtach í chun torthaí cliniciúla othar a fheabhsú. Anseo, déanaimid achoimre ar na hairteagail le déanaí a foilsíodh i CA Cancer J Clin, JCO, Ann Oncol agus irisí eile chun athbhreithniú a dhéanamh ar chur i bhfeidhm na tástála géiniteacha i ndiagnóis agus cóireáil ailse.

Sócháin shómacha agus sócháin gheirmlíne. Go ginearálta, is sócháin DNA is cúis le hailse, sócháin ar féidir iad a oidhreacht ó thuismitheoirí (sócháin gheirmlíne) nó a fháil le haois (sócháin shómacha). Bíonn sócháin gheirmlíne i láthair ó bhreith, agus de ghnáth bíonn an sóchán i DNA gach cille sa chorp ag an sóchánóir agus is féidir é a thabhairt ar aghaidh chuig sliocht. Faigheann daoine aonair sócháin shómacha i gcealla neamh-ghéimeacha agus de ghnáth ní thugtar ar aghaidh chuig sliocht iad. Is féidir le sócháin gheirmlíne agus shómacha araon gnáthghníomhaíocht fheidhmiúil cealla a scriosadh agus claochlú urchóideach cealla a bheith mar thoradh orthu. Is príomhthiománaí urchóideachta iad sócháin shómacha agus an bithmharcóir is réamhinsintí san oncolaíocht; áfach, bíonn sócháin gheirmlíne ag thart ar 10 go 20 faoin gcéad d'othair meall a mhéadaíonn a riosca ailse go suntasach, agus tá cuid de na sócháin seo teiripeach freisin.
Sóchán tiománaí agus sóchán paisinéara. Ní bhíonn tionchar ag gach malairt DNA ar fheidhm na gceall; ar an meán, tógann sé cúig go deich n-imeacht ghéanómacha, ar a dtugtar “sócháin tiománaí”, chun meathlú gnáth cille a spreagadh. Is minic a tharlaíonn sócháin tiománaí i ngéinte a bhaineann go dlúth le gníomhaíochtaí saoil cille, amhail géinte a bhfuil baint acu le rialáil fáis cille, deisiú DNA, rialú timthriall cille agus próisis saoil eile, agus tá an cumas acu a úsáid mar spriocanna teiripeacha. Mar sin féin, tá líon iomlán na sóchán in aon ailse sách mór, idir chúpla míle i roinnt ailse chíche agus níos mó ná 100,000 i roinnt ailse cholaireicteacha agus endometrial an-athraitheach. Níl aon tábhacht bhitheolaíoch ag baint leis an gcuid is mó de na sócháin, nó níl mórán tábhachta bitheolaíoch acu, fiú má tharlaíonn an sóchán sa réigiún códaithe, tugtar “sócháin paisinéara” ar imeachtaí sócháin neamhshuntasacha den sórt sin. Má thuarann ​​malairt géine i gcineál meall ar leith a fhreagairt ar chóireáil nó a fhriotaíocht ina coinne, meastar go bhfuil an malairt inoibrithe go cliniciúil.
Oncogenes agus géinte coisctheacha meall. Is féidir géinte a bhíonn ag athrú go minic in ailse a roinnt go garbh ina dhá chatagóir, oncogenes agus géinte coisctheacha meall. I gcealla gnáth, is é an próitéin atá ionchódaithe ag oncogenes príomhról chun iomadú cille a chur chun cinn agus aipiptóis cille a chosc, agus is é an próitéin atá ionchódaithe ag géinte oncosuppressors príomhfhreagrach as rialáil dhiúltach a dhéanamh ar dheighilt cille chun feidhm gnáth cille a choinneáil. Sa phróiseas claochlaithe urchóideach, bíonn feabhas ar ghníomhaíocht oncogene agus laghdú nó cailliúint gníomhaíochta géine oncosuppressor mar thoradh ar athrú géanómach.
Éagsúlacht bheag agus éagsúlacht struchtúrach. Seo iad an dá phríomhchineál sócháin sa ghéanóm. Athraíonn athróga beaga DNA trí líon beag bonn a athrú, a scriosadh, nó a chur leis, lena n-áirítear cur isteach bonn, scriosadh, aistriú fráma, caillteanas códóin tosaigh, sócháin caillteanas códóin stad, etc. Is athchóiriú mór géanóim é éagsúlacht struchtúrach, lena mbaineann codanna géine a bhfuil raon méide acu ó chúpla míle bonn go dtí formhór an chrómasóim, lena n-áirítear athruithe ar líon cóipeanna géine, scriosadh crómasóim, dúbláil, inbhéartú nó trasghluaiseacht. Féadfaidh na sócháin seo laghdú nó feabhsú ar fheidhm próitéine a chur faoi deara. Chomh maith le hathruithe ar leibhéal géinte aonair, tá sínithe géanómacha mar chuid de thuairiscí seicheamhaithe cliniciúla freisin. Is féidir sínithe géanómacha a fheiceáil mar phatrúin chasta d'athruithe beaga agus/nó struchtúracha, lena n-áirítear ualach sócháin meall (TMB), éagobhsaíocht micrea-shatailíte (MSI), agus lochtanna athchomhcheangail homalógacha.

Múchadh clónach agus múchadh fochlónach. Bíonn múchadh clónach i láthair i ngach ceall meall, bíonn siad i láthair tráth an diagnóis, agus fanann siad i láthair tar éis dul chun cinn na cóireála. Dá bhrí sin, tá an cumas ag múchadh clónach a úsáid mar spriocanna teiripeacha meall. Níl múchadh fochlónach i láthair ach i bhfo-thacar de chealla ailse agus féadfar iad a bhrath ag tús an diagnóis, ach imíonn siad le hatarlú ina dhiaidh sin nó ní fheictear iad ach amháin tar éis na cóireála. Tagraíonn éagsúlacht ailse do láithreacht ilmhúchadh fochlónach in ailse amháin. Is suntasach gurb iad múchadh clónach formhór mór na múchadh tiomána atá suntasach ó thaobh na clinice de i ngach speiceas ailse coitianta agus fanann siad cobhsaí ar feadh dul chun cinn an ailse. B’fhéidir nach mbraithfear friotaíocht, a bhíonn idirghabhálaithe go minic ag fochlóin, tráth an diagnóis ach feictear í nuair a athiompaíonn sí tar éis na cóireála.

Úsáidtear an teicníc thraidisiúnta FISH nó caraitíopaíocht chealla chun athruithe a bhrath ag an leibhéal crómasómach. Is féidir FISH a úsáid chun comhleá géine, scriosadh agus aimpliúcháin a bhrath, agus meastar gurb é an “caighdeán óir” é chun na hathróga sin a bhrath, le cruinneas agus íogaireacht ard ach le tréchur teoranta. I roinnt ailse haemaiteolaíocha, go háirithe leoicéime géarmhíochaine, úsáidtear caraitíopaíocht fós chun treoir a thabhairt maidir le diagnóis agus prognóis, ach tá an teicníc seo á hathsholáthar de réir a chéile le measúnuithe móilíneacha spriocdhírithe ar nós FISH, WGS, agus NGS.
Is féidir athruithe i ngéinte aonair a bhrath le PCR, PCR fíor-ama agus PCR braoin digiteach araon. Tá íogaireacht ard ag baint leis na teicnící seo, tá siad oiriúnach go háirithe chun léasanna beaga iarmharacha a bhrath agus a mhonatóiriú, agus is féidir leo torthaí a fháil i mbeagán ama, is é an míbhuntáiste ná go bhfuil an raon braite teoranta (de ghnáth ní bhraitear ach sócháin i ngéint amháin nó i gcúpla géin), agus go bhfuil an cumas tástálacha iolracha a dhéanamh teoranta.
Is uirlis monatóireachta bunaithe ar phróitéin í an imdhíoneolaíocht (IHC) a úsáidtear go coitianta chun léiriú bithmharcóirí amhail ERBB2 (HER2) agus gabhdóirí estrogen a bhrath. Is féidir IHC a úsáid freisin chun próitéiní só-ghinte sonracha (amhail BRAF V600E) agus comhleá géine sonracha (amhail comhleá ALK) a bhrath. Is é buntáiste IHC gur féidir é a chomhtháthú go héasca sa phróiseas anailíse fíocháin rialta, ionas gur féidir é a chomhcheangal le tástálacha eile. Ina theannta sin, is féidir le IHC faisnéis a sholáthar faoi logánú próitéine focheallach. Is iad na míbhuntáistí ná inmhéadaitheacht theoranta agus éilimh arda eagraíochtúla.
Seicheamhú an dara glúin (NGS) Úsáideann NGS teicnící seicheamhaithe comhthreomhara ard-táirgeachta chun athruithe ag leibhéal an DNA agus/nó an RNA a bhrath. Is féidir an teicníc seo a úsáid chun an géanóm iomlán (WGS) agus na réigiúin géine a bhfuil suim acu a sheicheamhú araon. Soláthraíonn WGS an fhaisnéis is cuimsithí faoi mhútais ghéanómacha, ach tá go leor constaicí ann maidir lena cur i bhfeidhm cliniciúil, lena n-áirítear an gá atá le samplaí fíocháin meall úra (níl WGS oiriúnach fós chun samplaí formailin-imghluaiste a anailísiú) agus an costas ard.
Áirítear le seicheamhú NGS spriocdhírithe seicheamhú eacsóin iomlán agus painéal géine sprice. Saibhríonn na tástálacha seo réigiúin spéise le tóireadóirí DNA nó aimpliú PCR, rud a chuireann teorainn leis an méid seicheamhaithe atá ag teastáil (is ionann an t-eacsóm iomlán agus 1 go 2 faoin gcéad den ghéanóm, agus ní dhéanann fiú painéil mhóra ina bhfuil 500 géin ach 0.1 faoin gcéad den ghéanóm). Cé go bhfeidhmíonn seicheamhú eacsóin iomlán go maith i bhfíocháin atá socraithe le formailin, tá a chostas ard fós. Tá teaglaim géine sprice réasúnta eacnamaíoch agus tugann siad solúbthacht maidir le géinte a roghnú le tástáil. Ina theannta sin, tá DNA saor in aisce atá ag scaipeadh (cfDNA) ag teacht chun cinn mar rogha nua le haghaidh anailís ghéanómach ar othair ailse, ar a dtugtar bithóipse leachtacha. Is féidir le cealla ailse agus cealla gnáth araon DNA a scaoileadh isteach sa tsruth fola, agus tugtar DNA meall atá ag scaipeadh (ctDNA) ar an DNA a chailltear ó chealla ailse, ar féidir é a anailísiú chun sócháin fhéideartha i gcealla meall a bhrath.
Braitheann an rogha tástála ar an bhfadhb chliniciúil shonrach atá le réiteach. Is féidir formhór na mbithmharcóirí a bhaineann le teiripí ceadaithe a bhrath le teicnící FISH, IHC, agus PCR. Tá na modhanna seo réasúnta chun méideanna beaga bithmharcóirí a bhrath, ach ní fheabhsaíonn siad éifeachtúlacht an bhrath le méadú ar an tréchur, agus má bhraitear an iomarca bithmharcóirí, b'fhéidir nach mbeidh dóthain fíocháin ann le haghaidh braite. I roinnt ailse sonracha, amhail ailse scamhóg, áit a bhfuil sé deacair samplaí fíocháin a fháil agus go bhfuil il-bhithmharcóirí le tástáil, is rogha níos fearr é NGS a úsáid. Mar fhocal scoir, braitheann an rogha measúnachta ar líon na mbithmharcóirí atá le tástáil do gach othar agus líon na n-othar atá le tástáil don bhithmharcóir. I gcásanna áirithe, is leor úsáid IHC/FISH, go háirithe nuair a bhíonn an sprioc aitheanta, amhail braiteadh gabhdóirí estrogen, gabhdóirí prógesteróin, agus ERBB2 in othair ailse chíche. Más gá iniúchadh níos cuimsithí a dhéanamh ar shócháin ghéanómacha agus cuardach a dhéanamh ar spriocanna teiripeacha féideartha, tá NGS níos eagraithe agus níos cost-éifeachtaí. Ina theannta sin, féadfar NGS a bhreithniú i gcásanna ina bhfuil torthaí IHC/FISH débhríoch nó neamhchinntitheach.

Tugann treoirlínte éagsúla treoir maidir le cé na hothair ba chóir a bheith incháilithe le haghaidh tástála géiniteach. In 2020, d’eisigh Grúpa Oibre Leigheas Beacht ESMO na chéad mholtaí tástála NGS d’othair a raibh ailse chun cinn orthu, ag moladh tástáil rialta NGS le haghaidh ailse scamhóg neamh-scámach neamh-bheagcheallach chun cinn, ailse próstatach, ailse cholaireicteach, ailse duchtanna bile, agus samplaí meall ailse ubhagáin, agus in 2024, rinne ESMO nuashonrú ar an mbonn seo, ag moladh ailse chíche agus meall neamhchoitianta a áireamh. Amhail meall strómach gastrointestinal, sarcomas, ailse thyroid agus ailse de bhunús anaithnid.
Sa bhliain 2022, deir Tuairim Chliniciúil ASCO maidir le tástáil ghéanóim shómach in othair a bhfuil ailse mheiteastatach nó chun cinn orthu, má cheadaítear teiripe a bhaineann le bithmharcóirí in othair a bhfuil meall soladach meiteastatach nó chun cinn orthu, moltar tástáil ghéiniteach do na hothair seo. Mar shampla, ba cheart tástáil ghéanómach a dhéanamh in othair a bhfuil melanoma meiteastatach orthu chun scagadh a dhéanamh ar mhútáin BRAF V600E, toisc go bhfuil coscairí RAF agus MEK ceadaithe don tásc seo. Ina theannta sin, ba cheart tástáil ghéiniteach a dhéanamh freisin má tá marcóir soiléir friotaíochta ann don druga atá le tabhairt don othar. Níl Egfrmab, mar shampla, éifeachtach in ailse cholaireicteach sóchánach KRAS. Agus oiriúnacht othair le haghaidh seicheamhú géine á breithniú, ba cheart stádas fisiceach an othair, comhoiriúnachtaí agus céim an meall a chomhtháthú, toisc go n-éilíonn an tsraith céimeanna atá riachtanach le haghaidh seicheamhú géanóim, lena n-áirítear toiliú an othair, próiseáil saotharlainne agus anailís ar thorthaí seicheamhaithe, go mbeadh acmhainn fhisiceach agus ionchas saoil leordhóthanach ag an othar.
Chomh maith le sócháin shómacha, ba cheart roinnt ailsí a thástáil le haghaidh géinte geirmlíne freisin. D’fhéadfadh tionchar a bheith ag tástáil le haghaidh sócháin geirmlíne ar chinntí cóireála le haghaidh ailse amhail sócháin BRCA1 agus BRCA2 in ailse chíche, ubhagánach, próstatach agus paincréasach. D’fhéadfadh impleachtaí a bheith ag sócháin geirmlíne freisin maidir le scagthástáil agus cosc ​​ailse amach anseo in othair. Caithfidh othair atá oiriúnach go féideartha le haghaidh tástála le haghaidh sócháin geirmlíne coinníollacha áirithe a chomhlíonadh, lena n-áirítear fachtóirí amhail stair teaghlaigh ailse, aois ag an diagnóis, agus cineál ailse. Mar sin féin, ní chomhlíonann go leor othar (suas le 50%) a bhfuil sócháin phataigineacha sa líne geirmlíne critéir thraidisiúnta maidir le tástáil a dhéanamh ar shócháin geirmlíne bunaithe ar stair teaghlaigh. Dá bhrí sin, chun sainaithint iompróirí sócháin a uasmhéadú, molann an Líonra Cuimsitheach Náisiúnta Ailse (NCCN) go ndéanfaí tástáil ar gach othar nó ar an gcuid is mó díobh a bhfuil ailse chíche, ubhagánach, endometrial, paincréasach, coloiniceach nó próstatach orthu le haghaidh sócháin geirmlíne.
Maidir le tráthúlacht na tástála géiniteacha, toisc go bhfuil formhór mór na sóchán tiomána suntasach ó thaobh na clinice de clónúil agus réasúnta cobhsaí le linn dul chun cinn an ailse, is réasúnta tástáil ghéiniteach a dhéanamh ar othair tráth a ndéantar diagnóis ar ailse chun cinn. I gcás tástála géiniteach ina dhiaidh sin, go háirithe tar éis teiripe mhóilíneach spriocdhírithe, is mó an buntáiste atá ag baint le tástáil ctDNA ná DNA fíocháin meall, toisc gur féidir DNA ó gach léas meall a bheith i DNA fola, rud atá níos fabhraí chun faisnéis a fháil faoi éagsúlacht meall.
D’fhéadfadh anailís ar ctDNA tar éis cóireála a bheith in ann freagairt meall ar chóireáil a thuar agus dul chun cinn galair a aithint níos luaithe ná modhanna íomháithe caighdeánacha. Mar sin féin, níl prótacail bunaithe chun na sonraí seo a úsáid chun cinntí cóireála a threorú, agus ní mholtar anailís ctDNA mura rud é i dtrialacha cliniciúla. Is féidir ctDNA a úsáid freisin chun léasanna beaga iarmharacha a mheas tar éis obráid radacach meall. Is réamhinsint láidir é tástáil ctDNA tar éis obráide ar dhul chun cinn galair ina dhiaidh sin agus féadfaidh sé cabhrú le cinneadh a dhéanamh an mbeidh othar in ann leas a bhaint as ceimiteiripe chúnaimh, ach ní mholtar fós ctDNA a úsáid lasmuigh de thrialacha cliniciúla chun cinntí maidir le ceimiteiripe chúnaimh a threorú.

Próiseáil sonraí Is é an chéad chéim i seicheamhú an ghéanóim ná DNA a bhaint as samplaí othar, leabharlanna a ullmhú, agus sonraí amha seicheamhaithe a ghiniúint. Éilíonn na sonraí amha tuilleadh próiseála, lena n-áirítear sonraí ísealchaighdeáin a scagadh, iad a chur i gcomparáid leis an ngéanóm tagartha, cineálacha éagsúla sócháin a aithint trí halgartaim anailíseacha éagsúla, éifeacht na sócháin seo ar aistriúchán próitéine a chinneadh, agus sócháin líne geirmeacha a scagadh.
Tá anótáil géine tiománaí deartha chun idirdhealú a dhéanamh idir sócháin tiománaí agus paisinéara. Bíonn cailliúint nó feabhsú gníomhaíochta géine coscairí meall mar thoradh ar sócháin tiománaí. I measc na n-athróga beaga a mbíonn díghníomhachtú géinte coscairí meall mar thoradh orthu tá sócháin neamhbhréagacha, sócháin aistrithe fráma, agus sócháin láithreáin splaisithe eochair, chomh maith le scriosadh códón tosaigh níos lú minice, scriosadh códón stad, agus raon leathan sócháin iontrála/scriosta intrón. Ina theannta sin, is féidir le sócháin mhíchiall agus sócháin iontrála/scriosta intrón beaga cailliúint gníomhaíochta géine coscairí meall a bheith mar thoradh orthu freisin nuair a bhíonn tionchar acu ar fhearainn fheidhmiúla tábhachtacha. I measc na n-athróga struchtúracha a mbíonn cailliúint gníomhaíochta géine coscairí meall mar thoradh orthu tá scriosadh géine páirteach nó iomlán agus athróga géanómacha eile a mbíonn scriosadh fhráma léitheoireachta an ghéin mar thoradh orthu. I measc na n-athróga beaga a mbíonn feidhm fheabhsaithe oncogéine mar thoradh orthu tá sócháin mhíchiall agus iontrálacha/scriostaí intrón ó am go chéile a dhíríonn ar fhearainn fheidhmiúla próitéine tábhachtacha. I gcásanna neamhchoitianta, is féidir le teascadh próitéine nó sócháin láithreáin splaisithe gníomhachtú oncogéine a bheith mar thoradh orthu. I measc na n-athróga struchtúracha a mbíonn gníomhachtú oncogéine mar thoradh orthu tá comhleá géine, scriosadh géine, agus dúbailt géine.
Déanann léirmhíniú cliniciúil ar athrú géanómach measúnú ar thábhacht chliniciúil na sócháin a sainaithníodh, i.e. a luach diagnóiseach, prognóiseach nó teiripeach féideartha. Tá roinnt córas grádaithe bunaithe ar fhianaise ann ar féidir iad a úsáid chun treoir a thabhairt maidir le léirmhíniú cliniciúil ar athrú géanómach.
Aicmíonn Bunachar Sonraí Oncolaíochta Leigheas Beacht (OncoKB) Ionad Ailse Memorial Sloan-Kettering Athróga Géine i gceithre leibhéal bunaithe ar a luach tuartha maidir le húsáid drugaí: Leibhéal 1/2, ceadaithe ag an FDA, nó bithmharcóirí caighdeánacha go cliniciúil a thuar freagairt tásc ar leith do dhruga ceadaithe; Leibhéal 3, bithmharcóirí ceadaithe nó neamhcheadaithe ag an FDA a thuar freagairt do dhrugaí spriocdhírithe nua a léirigh gealladh fúthu i dtrialacha cliniciúla, agus Leibhéal 4, bithmharcóirí neamhcheadaithe ag an FDA a thuar freagairt do dhrugaí spriocdhírithe nua a léirigh fianaise bhitheolaíoch láidir i dtrialacha cliniciúla. Cuireadh an cúigiú foghrúpa a bhaineann le friotaíocht cóireála leis.
Roinneann treoirlínte Chumann Meiriceánach na Paiteolaíochta Móilíní (AMP)/Chumann Meiriceánach na nOncolaíochta Cliniciúla (ASCO)/Choláiste na Paiteolaithe Meiriceánacha (CAP) maidir le héagsúlacht shómach a léirmhíniú an éagsúlacht shómach ina ceithre chatagóir: Grád I, le suntasacht chliniciúil láidir; Grád II, le suntasacht chliniciúil fhéideartha; Grád III, suntasacht chliniciúil anaithnid; Grád IV, nach bhfuil a fhios go bhfuil suntasacht chliniciúil leis. Níl luach ach ar athróga gráid I agus II le haghaidh cinntí cóireála.
Aicmíonn Scála Inoibritheachta Cliniciúla Sprioc Mhóilíneach (ESCAT) ESMO athróga géine i sé leibhéal: Leibhéal I, spriocanna atá oiriúnach le húsáid go rialta; is dócha go n-úsáidfear Céim II, sprioc atá fós á staidéar, chun scagadh a dhéanamh ar an daonra othar a d'fhéadfadh leas a bhaint as an druga sprice, ach tá gá le tuilleadh sonraí chun tacú leis. Grád III, athróga géine spriocdhírithe a léirigh sochar cliniciúil i speicis ailse eile; Grád IV, athróga géine spriocdhírithe amháin a bhfuil fianaise réamhchliniciúil mar thaca leo; I ngrád V, tá fianaise ann chun tacú le suntasacht chliniciúil spriocdhíriú an mhútaithe, ach ní shíneann teiripe aon-dhruga i gcoinne na sprice an mharthanas, nó is féidir straitéis chóireála teaglaim a ghlacadh; Grád X, easpa luacha cliniciúil.